Beacon Designer软件介绍
beacon designer可以帮助您设计生物实验分析方案，可以让您在制作一些生物模型的时候获得更好的数据分析平台，本软件可以结合一些化学的公式使用，您可以在分析生物数据的时候加载一些化学的公式到软件上标注，也可以将分析的生物数据转换为基因模型的方式查看;对于pcr引物设计方面的运用还是非常良好的，体用了多种生物反应以及DNA引物的分析技术，让软件帮助您完成后期实验数据的分析以及报告制作!
Beacon Designer软件功能
1、FRET探针
FRET探针-设计出不含二聚体，重复序列和运行序列的最佳FRET探针，以确保信号保真度。
多重FRET探针和引物-检查FRET探针是否与所有引物交叉杂交，以防止多重反应竞争。
评估预先设计的FRET探针和引物-允许使用SYBR®green引物设计最佳的FRET探针。
算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居计算Tm热力学值。
图形视图-显示探针二级结构的图形视图。
2、Scorpions®底漆设计
Scorpions®Primer-设计最佳的标准引物，Scorpions®引物，Probe和Scorpions®，不含二聚体，重复序列和运行序列，可确保信号保真度。
等位基因识别-设计Scorpions®来检测野生和突变等位基因。
MultiplexScorpions®和引物-检查Scorpions®是否具有交叉同源性，所有引物可防止多重反应竞争。
预先设计的Scorpions®引物-允许使用预先设计的探针/引物来设计最佳引物/探针和蝎子。
Tm计算-高精度发夹Tm计算。
图形视图-显示设计的Scorpions®Primer的图形视图。
3、底漆设计
设计引物-设计针对SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA应用优化的引物对。
算法-使用高度精确的SantaLucia最近邻居热力学值计算引物Tm。
引物等级-根据引物效率对引物进行排名。根据引物的热力学性质和二级结构筛选综合标准引物。
自动引物多路复用-检查引物池中的同源性，以减少引物二聚体。
预先设计的引物-允许将先前设计的引物用于信标，TaqMan®，FRET，HRMA和SYBR®Green分析。
避免模板的二级结构-设计引物时自动避免模板中的二级结构。
避免交叉同源性-通过自动避免使用BLAST发现的同源性来确保信号保真度。
引物扩增子和探针BLAST搜索-BLAST搜索引物，扩增子和探针以验证设计的特异性。
SNP扩增用于信标，TaqMan®，FRET和HRMA化学试剂的引物旨在扩增SNP。 SYBR®Green引物的设计应使区分等位基因的核苷酸位于其中一种引物的3'末端碱基处。可以将HRMA分析设计为扩增SNP和所有其他类型的突变，例如取代，缺失，插入等。
一致的条件-运行中的所有引物均针对相同的PCR反应条件进行了优化。
4、爆炸搜索
选择性cDNA扩增-通过设计跨外显子/外显子和外显子-内含子边界的引物来避免gDNA污染。外显子区域通过解释GenBank标头注释来识别。也可以手动指定它们。
BLAST搜索-BLAST搜索整个序列，设计引物和扩增子以显现特异性。
BLAST数据库-使用独立的BLAST搜索本地自定义数据库，或直接连接到NCBI服务器以获取公共数据库。
重复和低复杂度区域-优化BLAST搜索参数以在搜索NCBI可用的基因组数据库时检测重复和低复杂度区域。
BLAST结果视图-提供在序列，引物对，扩增子和探针上搜索BLAST的结果视图。
5、数据库和数据管理
设计模式-Beacon和TaqMan®设计位于不同的模块中：允许在运行时进行模式切换。
项目-创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目，可以轻松管理多个实验的数据。
应用程序数据库-维护用于序列信息和搜索结果的本地数据库。
Beacon Designer软件特色
提供了多种引物的分析功能。
可以在生物序列上完成更多的基因分析。
支持使用基因突变的序列加载到实验上分析。
支持使用DNA引物分析查看实验数据的变化。
支持在生物分析上扩展数据的变化以及外部分子。
支持建立多种基因的序列分析。
可以帮助您测试氨基酸的研究数据。
可以让您在分析生物序列的时候获得更好的指标。
支持将测试的单核苷酸生成图形显示。
支持生物链的制作以及基因模型制作。
Beacon Designer更新日志
1.修改用户提交bug
2.添加新功能
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